В рассуждениях М.А. Булгакова о добре и зле, о лжи и истине немалую роль играют ершалаимские главы романа. Центральной фигурой в них является образ Христа, который желает добра даже своим мучителям. Однако наряду с душевной мягкотелостью Га-Ноцри демонстрирует и силу характера, и стойкость убеждений. Веря в природную доброту человека, он считает, что каждого ошибающегося и запутавшегося можно наставить на путь истины. Га-Ноцри ведет жизнь бродячего философа. В его уста М.А. Булгаков вкладывает афористичные фразы, свидетельствующие о глубине мудрости и проницательности героя («Правду говорить легко и приятно», «Всякая власть является насилием над людьми и… настанет время, когда не будет власти ни кесарей, ни какой-либо иной власти. Человек перейдет в царство истины и справедливости, где вообще не будет надобна никакая власть»).
Центральной сюжетной линией романа является линия мастера и Маргариты. Не случайно эти образы подчеркивает само название романа. М.А. Булгаков подчеркивает, что Маргарита была умной и красивой женщиной, не нуждалась в деньгах, но счастливой себя не считала. «Что нужно было этой женщине, в глазах которой всегда горел какой-то непонятный огонечек, что нужно было этой чуть косящей на один глаз ведьме, украсившей себя тогда весною мимозами?» — пишет автор. И сам же отвечает на этот вопрос: «Очевидно, не готический особняк, и не отдельный сад, и не деньги. Она любила его, она говорила правду».
Любовную линию в романе подчеркивает мотив сна. Героиня видит неизвестную местность, которую М.А. Булгаков характеризует как адскую: ни дуновения ветерка, ни шевеления облака, ни живой души. Среди этой пустынной местности Маргарита видит мастера. Он оборван, небрит, волосы всклокочены.
Автор намеренно подчеркивает материальный достаток, в котором живет женщина: особняк, роскошная квартира, домработница. Однако самым дорогим оказывается для нее фотографическая карточка мастера и испорченная огнем тетрадь.
Получив от Азазелло волшебный крем и помаду, Маргарита соглашается превратиться в ведьму и, оставив мужу прощальную записку, улетает.
Прилетев на щетке в квартиру критика Латунского, пытаясь отомстить за мастера, Маргарита устраивает в ней настоящий погром (выплескивает чернильницу на кровать, наливает воду в ящики письменного стола, разбивает зеркальный шкаф).
Булгаков детально описывает полет Маргариты в лунном свете, участие героини в сцене бала у Воланда. В конце романа Мастер и Маргарита соединяются и уходят через каменистый мостик в вечный дом.
Важную роль в романе М.А. Булгакова играет пейзаж. В ключевых сценах произведения автор акцентирует внимание читателя на появлении луны или солнца. Эти светила подчеркивают вечный, вневременный характер происходящего, придают особую значимость данным главам произведения. Противоестественный характер осуждения Га-Ноцри Пилатом подчеркивает художественная деталь: при мысли о том, что пришло бессмертие, прокуратор холодеет на солнцепеке. Весь ужас происходящих событий передается через пейзаж: «Пропал отягощенный розами куст, пропали кипарисы, окаймляющие верхнюю террасу, и гранатовое дерево, и белая статуя в зелени, да и сама зелень. Поплыла вместо этого всего какая-то багровая гуща, в ней закачались водоросли и двинулись куда-то, а вместе с ними двинулся и сам Пилат». Во время казни Иешуа на город надвигается сильнейшая гроза, которая заканчивается небывалым ливнем. Она словно символизирует вселенский потоп — гнев самих небес.
Московские проделки Воланда неизменно сопровождает лунный свет. Не случайно Берлиоз в последнее мгновение жизни видит разваливающуюся на куски луну.
Особое место в романе занимает городской пейзаж. Под пером М.А. Булгакова одинаково реалистично и поэтично выглядит каждый уголок старой Москвы: и Александровский сад, и «ослепительно освещенный» Арбат, и «заплатанный, заштопанный, кривой и длинный переулок с покосившейся дверью нефтелавки, где кружками продают керосин и жидкость от паразитов во флаконе».